《国故论衡》反映了章炳麟的哲学和史学思想。章炳麟的哲学思想体系很庞杂，其哲学是他政治思想、学术思想的理论基础，也是其为人处事的最高准则。在前期，他认为原子、自然界是世界的本源，认为只有当感官接触外界才能产生认识；到了后期，他把阿赖耶识、真如当作世界的本源本体，把阿赖耶识中的“种子”当作认识的基础，认为“认识”就是“以自造之境与自识更互缘生”，外界事物并不是客观存在。
在前期，他高唱“竞争”“进化”“公理”；到了后期，他否认进化、公理，把进化、公理称为“惑”，痛斥进化论是“戏论”“进化教”，于是自己发明“俱分进化论”以代之。作为自幼受儒学浸染的思想家，《国故论衡》也反映出章炳麟的国粹精神，他倡导民族主义，褒重国语，褒重民族的历史。