《宋史》的最大缺点是比较粗糙。由于成书时间短，只用了两年零七个月，而且时值元朝濒临崩溃的前夕，因此在编写过程中对史料缺乏认真鉴别考订，资料也没有精心裁剪；而且书的结构也比较混乱，编排也不协调。从整体来看，北宋详而南宋略，如《文苑传》里，北宋文人达八十一名，而南宋仅有十一名；《循吏传》里，南宋竟无一人。此外，宁宗以后的史实多缺而不载。列传虽然占的篇幅很大，入传的人物有两千八百多人，但缺漏的人物仍然不少。如南宋后期抵抗蒙古军守合州有功的王坚，其英勇程度，不减唐朝的张巡守睢阳，但在《宋史》中却无专传，其事迹只散见于《宋史》《元史》的本纪和列传中。又如生祭文天祥的王炎午，终身面不向北的郑思肖，爱国诗人刘克庄等，也都没有列传。而有的人物却出现一人两传的现象，如《宋史》列传一百一十六有《李熙靖传》，二百十二又有《李熙靖传》。还有列传的编排不以时间为序，造成了前后顺序的混乱。