《书目答问》共四卷，正录、附录约收书2200种。它所划分的部类如下：

经部分3类：正经正注类列朝经注、经说、经本考证类小学类。

史部分14类：正史类、编年类、纪事本末类、古史类、别史类、杂史类、载记类、传记类、诏令奏议类、地理类、政书类、谱录类、金石类、史译类。

子部分13类：周秦诸百类、儒家类、兵家类、法爱类、农家类、医爱类、天文算法类、术数类、艺术类、杂家类、小说家类、释、道家类、类书。

集部分4类：别集类、总集类、诗文译类、丛书类。

另有附录二种：一、别录：包括群书读本、考试初学各书、词章初学各书、童蒙初学各书；二、清朝著述诸家姓名：列举清代学者的姓名籍贯。

该书著录每一种书的项目包括：书名、卷数、著者、版本等，间有注明其刻者、校者、注者、笺者。