《古书疑义举例》全书7卷，共诠释古书辞例88例。

这88例中，从内容上看，可以概括为两部分：前4卷51例，除少数是用字之例外，其余均属造句之例。卷一主要是用词中的特殊表达法；卷二主要是语言成分的省略和繁复；卷三主要是修辞问题；卷四是虚词的使用问题。后3卷37例主要是校勘之例，包括古书的误衍、误政误改和误解、错简和错分篇章等问题。

本书辞例虽只有88条，但能所援引的曲籍却十分丰富，包括经、史、子、集各类计近百种，举凡重要的、常见的古书都囊括在内。现摘要如下：

易、书、诗、韩诗外传。周礼、仪礼、礼记、大戴记、春秋、左传、公羊传、谷梁传、春秋繁露、论语、孟子、孝经、逸周书、国语、战国策、史记、汉书、后汉书、吴志、晋书、宋书、南齐书、旧唐书、列女传、荀子、老子、庄子、文子、管子、晏子春秋、韩非子、墨子、吕氏春秋、淮南子、贾子、穆天子传、论衡、风俗通、抱朴子、考工记、颜氏家训、法言、说苑、盐铁论、文选、东坡集等。此外，还有各种传、笺、注、疏的材料；还有各种字书，如尔雅、玉篇、方言、说文等；还有清代人的著作；读书杂志、经传释词、日知录、潜研堂全集、四书释地等。