《封神演义》通过设炮烙、造虿盆、剖孕妇、敲骨髓等情节，描写纣王的残暴不仁，从而揭示了反商斗争的基础。历史上的商、周是两个部族，没有明确的君臣关系，作者把武王伐纣处理为“以臣伐君”“以下伐上”，是“灭独夫”之举，姜子牙则以“天下者，非一人之天下，乃天下人之天下也”的主张，号召诸侯“吊民伐罪”，突出了双方的正义与非正义性质。哪吒剔骨还肉、黄飞虎反商归周等情节也进一步强调了“父逼子反”、“君逼臣反”而不得不反的精神。

这些描写显然是与封建伦理规定的君臣、父子关系相背离的，具有一定的进步意义。书中对纣王沉湎酒色久不设朝，以及任意诛杀大臣等描写，与明代后期朝政腐败的一些事实有相合之处，而它表现出来的那些新观念也显然与当时出现的社会思潮有着密切的联系。

但另一方面，书中又充满着“成汤气数已尽，周室当兴”的天命观，每个参加商周之争的人不过是“完天地之劫数，成气运之迁移”，阵亡后也无一例外地“一道灵魂进封神台去了”，这就模糊了正义与非正义的界限，笼罩着浓重的宿命观念和神秘色彩。此外，作者还一再宣扬“儒道释”三教合一的观点和“青竹蛇儿口，黄蜂尾上针，两般由自可，最毒妇人心”的“女祸”思想，也大大削弱了它的思想意义。