由于编修时间仓促，《元史》也存在着许多不足之处。例如在“列传”部分，由于元代史馆的资料不完备，汉人常有碑传资料可以参考，而一些蒙古名臣的资料常常无处可找，因此立传的不及一半。再就资料而言，在长期战乱之后，史籍散失很多，一时难以征集，很难完备，已经收集到的资料，限于翻译条件，也没有得到充分利用。如《元朝秘史》以及元朝的蒙古文典籍、档案等等，都是很大的缺憾。另外，在《元史》中随得随抄，前后重复，失于剪裁；又不彼此互对，考定异同，时见抵牾的现象也很多。如本纪或一事而再书，列传或一人而两传。同一专名，译名不一。又据案牍编宰相年表，仅删去其官衔而不予考订，以致有姓无名。还有，《元史》列传照抄碑志家传之类，取舍不当之处甚多。改写纪年的干支，竟有误推一甲子六十年的情况，使史实完全错乱，等等。国学家钱大昕曾嘲笑“修《元史》者，皆草泽腐儒，不谙掌故”，下笔“无不差谬”。因此，阅读《元史》，应参考《元朝秘史》《新元史》等书籍。