《桃花扇》共四十出，主要描写的是复社四公子之一的侯方域与秦淮名妓李香君之间的爱情故事。借离合之情，写兴亡之感，借两人的爱情，写出南明王朝的衰亡。剧中虽然有两条线索，但两条线索水乳交融，根本分不清谁是谁；事实上侯李的爱情也是南明兴亡的睛雨表。

故事中，由于香君拒绝阉党余孽阮大铖赠送的嫁妆而开罪了阮大铖。后来侯方域随史可法守扬州抗击清兵，香君独守空闺，拒绝再嫁。她认识到马士英、阮大铖的丑恶面目以及他们为南明带来的危害，而在一次宴会上痛斥他们。阮大铖设计将香君送入宫中，幸而香君母亲顶替她入了宫，香君由此隐姓与侯方域失去联络。

另一方面，由于马士英、阮大铖的破坏，使得统治集团内部矛盾重重，不能团结应敌。镇守江北四镇的将领先后被敌人攻破，左良玉、史可法名将也在战争中牺牲。南明统治覆亡了。侯方域死里逃生，回来寻找香君。经历生死离别，国家灭亡的一对恋人，最终相约出家，枯守青灯以了终生。