《商君书》的大多数篇章都涉及军事，其主要的军事思想可以概括为以下四个方面。

一是积极主张战争。它认为战国时代是武力征伐的时代，“万乘莫不战，千乘莫不守。”（《开塞》）在这个特殊的历史条件下，战争直接关系到国家的生死存亡，要立足天下，称王称霸，就必须从事战争，“国之所以兴者，农战也。”反对所谓“非兵”、“羞战”的论调，明确肯定战争的合理性和必要性。“以战去战，虽战可也。”（《画策》）

二是农战结合。它认为，农耕为攻战之本，因为农业生产不仅为战争提供物质基础，而且人民致力于农耕，才会安土重居，从而为保卫国土而战。农、战结合才能使国富兵强。

三是重刑厚赏，以法治军。“赏使之忘死，威使之苦生……何不陷之有哉！”（《外内》）通过刑、赏要造成人民“乐战”的风气，“民闻战而相贺也，起居饮食所歌谣者，战也。”（《赏刑》）

四是提出了一些具体的战略、战术。主张明察敌情，量力而行，权宜机变，灵活主动。强调用兵作战要“谨”，反对盲动。注重士气在作战中的作用。在《兵守》篇中探讨了守城防御作战的原则和方法。

当然，《商君书》的军事思想必然带有时代和阶级的局限性。它鼓吹好战，将战争抬高到压倒一切的地位，以为战争可以解决一切问题，这显然是片面的。至于“能胜强敌者，必先胜其民”（《画策》）的观点，则反映了它与广大人民众尖锐对立的阶级立场。