《本草纲目》全书共190万字，52卷，分列水、火、土、金石、草、谷、菜、果、木、服器、虫、鳞、介、禽、兽、人等十六部。作者又为每部分若干类，每一类又分列所属药物。全书共载药物1892种，比《论证类本草》增加374种药，附图1019幅，载方一万多首。全书总目如下：

第一、二卷为序例；第三、四卷为百病主治药类；第五卷为水部二类：天水类、地水类；第六卷为火部一类；第七卷为土部一类；第八至十一卷为金石部，分五部分：金类、玉类、石类、卤石类、附录；第十二至二十一卷为草部类，共分十一类：山草类、芳草类、隰草类、毒草类、蔓草类、水草类、石草类、苔类、杂草类、有名未用；第二十二至二十五卷为谷类，共分四类：麻麦稻、稷稻、菽豆、造酿；第二十六至二十八卷为菜部，分五大类：荤辛类、柔滑类、蓏菜类、水菜类、芝栭类；

第二十九至三十三卷为果部，分六类：五果类、山果类、夷果类、味类、蓏类、水果类、附录；第三十四至三十七类为木部，分六类：香木类、乔木类、灌木类、寓木类、苞木类、杂木类、附录；第三十八卷服器部二类：服帛类、器物类；第三十九至四十二卷为虫部四类：卵生类、化生类、湿生类、附录；第四十三、四十四卷为鳞部五类：龙类、蛇类、鱼类、无鳞类、附录；第四十五、四十六卷为介部二类：龟鳖类、蚌蛤类；第四十七至四十九卷为禽部四类：水禽类、原禽类、村禽类、山禽类、附录；第五十、五一卷为兽部五类：畜类、兽类、鼠类、寓怪类；第五十二卷人部一类。